Ханский совет
По отношению к своему племени представитель кочевой феодальной знати был полновластным правителем: одновременно и наследственным главой племени, и военачальником, и сборщиком налогов, и судьей, и фактическим собственником земли, т. е. в своем лице он совмещал политические, судебно-административные функции и экономическую власть над родовыми членами племени. Как уже говорилось, удельная система ослабляла государство. Феодальная кочевая знать, а также султаны, члены ханского рода в своих удельных владениях пользовались большой самостоятельностью и почти не зависели от хана. Имея значительные военные силы в виде племенного ополчения, феодально-племенная аристократия часто проявляла свою независимость, не подчинялась хану, а крупнейшие ее представители и сами стремились к захвату государственной власти, разжигали борьбу претендентов на ханский трон. После смерти каждого более или менее крупного хана, путем долгой борьбы добивавшегося некоторой централизации, упрочения власти, вновь вспыхивали усобицы между его наследниками, которых поддерживали различные группировки феодальной знати.
Ввиду крайней недостаточности материала трудно охарактеризовать в деталях органы государственной власти, государственный аппарат, его структуру, степень политической организации эксплуататорского класса феодалов для угнетения трудящихся кочевых и полукочевых масс населения Юго-Восточного Казахстана и других областей, входивших в Могулистан. Имеющиеся по этому вопросу материалы принадлежат в основном Мухаммад Хайдару, некоторые данные есть в тимуридских сочинениях, все они отрывочны и неопределенны, но в целом как будто не говорят об отсутствии прочного, хорошо организованного государственного аппарата. Некоторые элементы госаппарата можно отметить.
Существовал ханский совет из приближенных и знати. У Мирзы Хайдара он назван маджлисом. Описывая упомянутые выше «привилегии» улусбека, он пишет : «Улусбеги пусть держит воинские доспехи хана в ханском маджлисе, и обычай могульский таков, что никому другому не дозволяется брать в руки его колчан». Есть упоминание о существовании дивана как главной государственной канцелярии. О нем сказано в 7-м мансабе улусбека: «В диване пусть сидят от него по обе стороны на расстоянии одного лука». О существовании дивана в могульском государстве говорится у Муин ад-Дина Натанзи и в сочинении, приписываемом Тимуру («Тузу- кат-и Тимур»).
Рассказывая о неповиновении Тоглук-Тимур-хану военачальников могульских войск Бекчика канглы, Хаджи-бека аркенута и УлугТук-Тимура кераита, автор «Уложения» пишет, что эти эмиры «удаляются и поднимают затем восстание; в то же время они встречают Оглан-Ходжу, начальника дивана и первого советника могульского хана; привлекши его на свою сторону, они вместе направляются к Джете» (т. е. в Могулистан).
Интересно упоминание о существовании в составе государственного аппарата Могулистана дафтаров (финансовых ведомств, налоговых управлений, канцелярий): «Султан Махмуд-хан убил пять человек из наиболее великих эмиров, каждый из которых был главой дафтара».